Après l’occupation de la Catalogne par les troupes franquistes le 5 février 1939, les mouvements anarchistes s'effondrèrent. Toutes les forces de gauche furent harcelées, beaucoup de leurs membres, exécutés. Companys s’exila le jour de l'occupation, depuis le col de Lli à La Vajol, pour se réfugier à Escoublac-la-Baule dans la Loire-Inférieure6. Il y rejoint sa femme, Carme Ballester. Il fut arrêté le 13 août 1940 par un policier espagnol, aidé par la Gestapo et par la police française sans en avoir averti l'État français. Jugé et condamné pour haute trahison le 14 octobre par un tribunal militaire, il fut, après avoir été torturé, fusillé au château de Montjuïc à Barcelone le 15 octobre 19406. Il ne voulut pas avoir les yeux bandés et mourut face au peloton d'exécution en criant « pour la Catalogne ! » Visca Catalunya!